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研生試劑-抗原性多肽選擇的原則
更新時間:2014-05-07   點擊次數(shù):587次

                        研生試劑-抗原性多肽選擇的原則

1. 盡可能是在蛋白表面
2、保證該段序列不形成α-helix
3、N,C端的肽段比中間的肽段更好
4、避免蛋白內(nèi)部重復(fù)或接近重復(fù)段的序列
5、避免同源性太強的肽段
6、交聯(lián)可以交聯(lián)在N、C兩端,選擇依據(jù)就是交聯(lián)在對產(chǎn)生抗體不太重要的一端
7、序列中不能有太多的Pro,但有一兩個Pro有好處,可以使肽鏈結(jié)構(gòu)相對穩(wěn)定一些,對產(chǎn)生特異性抗體有益。

為了使抗體獲得*效果,仔細(xì)地設(shè)計抗原多肽是很有必要的,設(shè)計應(yīng)滿足一個基本條件:在免疫過程中,該抗原既不會產(chǎn)生過強的免疫反應(yīng),同時又能產(chǎn)生出對感興趣的蛋白有結(jié)合能力的抗體。盡管抗原設(shè)計是一個很復(fù)雜的課題,有諸多需要注意的細(xì)節(jié),根據(jù)我們所積累的經(jīng)驗,有幾點關(guān)鍵的基本設(shè)計原則可以提供給大家參考:
1、確定抗體的用途
新開展一個研究項目,弄清楚所感興趣的蛋白的一些基本特性是很有必要的,特別是如果知道蛋白的結(jié)構(gòu)會對選擇抗體易于接觸和識別的識別區(qū)域有很大的幫助。然而,在沒有這樣的結(jié)構(gòu)信息(多數(shù)是這種情況)的情況下,了解研究的用途會影響多肽設(shè)計的策略。例如:如果研究重點是集中在蛋白的不同區(qū)域,如C端或N端,或在一種特定狀態(tài)下的蛋白,如磷酸化等,那么按照所需序列設(shè)計的多肽和產(chǎn)生的相應(yīng)的抗體在應(yīng)用上應(yīng)該沒有太大的困難,然而,蛋白的構(gòu)象將影響抗體與其識別區(qū)域之間的相互作用。這種情況下可能存在的問題是如果在折疊的蛋白中,該識別區(qū)域被藏在蛋白的內(nèi)部,抗體將無法接觸到該區(qū)域。(無法產(chǎn)生相互作用)。
2、識別區(qū)域的選擇原則
一般說來的抗原性識別區(qū)域應(yīng)具備親水、位于蛋白表面和結(jié)構(gòu)上易變形性等特點。因為在大多數(shù)的天然環(huán)境中,親水區(qū)域傾向于集中在蛋白表面,而疏水區(qū)域常常被包裹在蛋白內(nèi)部,同樣道理,抗體只能與在蛋白表面發(fā)現(xiàn)的識別區(qū)域相互作用,而當(dāng)這些識別區(qū)域有足夠的結(jié)構(gòu)易變形性而轉(zhuǎn)移到抗體可接觸的位置時,將會與抗體間有很高的親和性。
3、連續(xù)的與不連續(xù)的識別區(qū)域
連續(xù)的區(qū)域是指由連續(xù)的氨基酸序列構(gòu)成的識別區(qū)域。大多數(shù)抗體是針對連續(xù)識別區(qū)域的,抗體能與這類區(qū)域以很高的親和力相結(jié)合表明這段序列不在蛋白內(nèi)部。不連續(xù)的識別區(qū)域是代表有一定折疊的一段多肽序列,或是將兩段分離開的多肽連在一起的抗體的識別區(qū)域。在某些情況下,針對這樣不連續(xù)識別區(qū)域的抗體也能產(chǎn)生,只是用來免疫的抗原多肽必須具備與該不連續(xù)識別區(qū)域相似的二級結(jié)構(gòu),而序列的長度需要符合相關(guān)的要求。
4、基本建議
為了避免識別區(qū)域隱藏在蛋白內(nèi)部的風(fēng)險,我們通常建議選擇蛋白的N,C兩端來產(chǎn)生的相應(yīng)的抗體。因為在完整的蛋白中,N,C兩端通常是暴露在蛋白表面的。然而,一定要注意膜蛋白的C端疏水性太強,不適合作為抗原。
5、序列的長度
通常我們建議抗原多肽的序列長度在8-20個氨基酸殘基之間,如果太短,就有多肽太特殊、所產(chǎn)生的抗體與天然蛋白之間的親和力(結(jié)合能力)不夠強的風(fēng)險,同樣,如果序列長度超過20,將有可能引入二級結(jié)構(gòu),所產(chǎn)生的抗體失去特異性的可能,而且肽鏈越長,通常合成難度增大,不易獲得高純度的產(chǎn)品。
6、載體蛋白交聯(lián)的選擇
基本原則:將載體蛋白加在遠(yuǎn)離抗體識別區(qū)域的一端,在序列中沒有Cys的情況下在N或C端加上Cys為交聯(lián)的方法。
7、常用分析軟件
MacVecfor TM ;DAN star TM;PC-Gene TM

 

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